Aziz Yıldırım’ın başkanlık dönemi, 2011 yılında Türkiye futbolunu derinden etkileyen şike davası ile sarsıldı. 2011’de Türk futbolunda şike iddiaları üzerine başlatılan soruşturma kapsamında Aziz Yıldırım, 3 Temmuz 2011’de gözaltına alındı ve daha sonra tutuklandı. Bu süreçte Yıldırım, Fenerbahçe'nin bazı maçlarında şike yaptığı iddiasıyla yargılandı. Yaklaşık bir yıl süren tutukluluk döneminin ardından 2012 yılında tahliye oldu. Ancak hukuki süreç yıllarca devam etti ve 2016 yılında Yargıtay, Yıldırım ve diğer Fenerbahçeli yöneticiler hakkında verilen şike cezalarını bozdu. Yıldırım, dava süreci boyunca Fenerbahçe'nin ve kendisinin masumiyetini savundu ve bu süreçte taraftarların büyük desteğini kazandı.